대법원은 2026두30644 사건에서 재화의 수입에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부를 심리했다. 부가가치세법에 따르면 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으며, 사업 관련성 판단은 지출 목적과 사업 내용 등을 종합적으로 고려해 개별적으로 결정해야 한다. 또한, 형식상의 수입신고 명의인에 불과하고 실질적인 수입자가 아닌 자에게 발급된 세금계산서는 사실과 다른 것으로 간주되어 매입세액 공제가 인정되지 않는다.

원고는 미국 A회사의 국내 관계회사로, 반도체 제조장비 부품을 무상으로 국내에 반입하며 수입부가가치세를 신고·납부하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받아 매출세액에서 매입세액으로 공제받았다. 그러나 피고는 부품 수입 거래 당사자가 원고가 아닌 A회사와 국내 고객사임을 들어 해당 부가가치세액의 매입세액 공제를 부인하고 부과처분을 내렸다. 원고는 이에 대해 부과처분 취소를 청구했다.

원심은 부품이 원고의 사업에 사용되었다고 보기 어렵고, 원고가 실질적 수입자가 아니므로 수입세금계산서가 사실과 다르다고 판단해 매입세액 공제를 인정하지 않았다. 대법원도 이러한 법리를 인정하며 원심 판결을 수긍해 상고를 기각했다. 이번 판결은 부가가치세법상 매입세액 공제의 사업 관련성 기준과 수입세금계산서의 실질적 수입자 개념을 명확히 한 중요한 사례다.

사업자가 부가가치세 매입세액 공제를 받기 위해서는 지출이 사업 수행에 필요하고 실질적 수입자로서 세금계산서를 발급받아야 함을 재확인했다. 이는 부가가치세 과세의 투명성과 적정성 확보에 기여할 것으로 보인다.